A cor dos olhos é uma característica cuja herança genética é poligênica, o que, segundo o próprio nome diz, significa que é um tipo de variação em que vários genes atuam na definição dessa característica. Isso acontece através da produção de proteínas que delimitam a melanina que será depositada na íris.

A melanina determina a cor dos olhos. As pessoas que possuem olhos azuis, por exemplo, não apresentam melanina na parte frontal da íris, mas em regiões mais profundas. Os genes responsáveis pela distribuição de melanina agem dessa forma, permitindo o depósito dessa proteína em determinadas regiões, o que delimita a cor dos olhos. Os olhos castanhos, ao contrário, acumulam esse pigmento na frente da íris.

Sabe aquela história do AA? Pois é, aqui ela também se aplica. O alelo (A) que determina a quantidade de melanina responsável pelo olho castanho é dominante em relação ao alelo que determina o olho azul. Outro alelo de outro gene também atua nesse mesmo padrão: os olhos verdes têm grande quantidade de pigmentos de gordura, e é um alelo dominante em relação ao alelo que determina o olho azul, com pouca quantidade de pigmentos de gordura.

Mas, como já foi dito, essa é uma herança poligênica, onde muitos genes atuam na determinação da característica. Portanto, as pessoas podem apresentar variadas colorações, entre preto até azul, passeando entre castanho-esverdeado e mel, por exemplo. Isso pode explicar como pais de olhos azuis podem gerar filhos com olhos castanhos. Nesse caso, um dos pais tem um alelo para olhos castanhos, mas por influência de outros genes a melanina não se deposita suficientemente na íris, gerando os olhos azuis.

Fonte: http://www.odousinstrumentos.com.br